Прошло уже три года с момента того, как Наруто ушел с Джирайей. Время шло неумолимо быстро, рыжеволосый парень вернулся с эро-маннином обратно в деревню. Сакура за это время училась у Пятой Хокаге - Цунаде, в деревне за это время всё шло более менее мирно. Коноха заключила мирный договор с Суной. Целью для Наруто стал поиск Саске и защита деревни.
Саске убил Орочимару впитав его силу, после чего смог одержать победу над своим старшим братом Итачи в смертельном бою, Итачи освободил Саске от Орочимару и его печати, отдав младшему Учихе свою силу и пробудив его Мангеке Шаринган. После этого Саске был просвещен во всю правду происходящего, узнав что брат всю жизнь оберегал его. Тайна была раскрыта живым Учиха Мадарой, тайна настоящего уничтожения клана Учиха. В Саске начала расти новая ненависть, новое зло, поглощающее его. После этого отряд Саске был переименован в отряд под названием "Ястреб", который объединился с Акацуки, поставив перед собой новую цель - уничтожить Коноху.